В структуру ПНД №2 входят 2 амбулаторных отделения, осуществляющих приём по участковому принципу, психотерапевтические кабинеты, кабинеты медико-психологического консультирования и медико-психологической помощи, дневной стационар, медико-реабилитационное отделение, кабинеты физиотерапии и функциональной диагностики.
Также в ПНД №2 имеется отделение платных услуг, где проводится психиатрическое освидетельствование работников различных учреждений, водителей автотранспортных средств, владельцев оружия, лечение врачом-психиатром, врачом-психотерапевтом, медицинским психологом, врачом функциональной диагностики граждан, зарегистрированных и проживающих в Санкт-Петербурге.